در اجرای ماده 513 قانون آیین دادرسی کیفری، قاضی اجرا باید نوع جرم یا جرائم ارتکابی، میزان محکومیت حبس و سایر مجازات‌ها، نوع و ارزش مال موضوع محکومیت مالی یا رد مال ناشی از جرم، میزان دقیق مبلغ دیه، دستور صریح مبنی بر بازداشت محکوم مالی، دستور صریح مبنی بر تبدیل جزای نقدی به حبس و مدت بازداشت بدل از جزای نقدی، میزان مجازات قابل اجرا در صورت تعدد مجازات‌ها، ایام بازداشت قبلی، و تاریخ آزادی را به طور دقیق به موسسه اعلام کند. چنانچه رئیس موسسه به هر طریقی از مواردی مانند عدم احتساب ایام بازداشت قبلی اطلاع حاصل کند، بلافاصله مراتب را به قاضی اجرا اعلام می کند.

به منظور برخورداری متهمان و محکومان از حمایت‌ها و ارفاق‌های قانونی، مراجع قضایی در برگ بازداشت یا برگ اعلام محکومیت درجه قانونی جرم را درج و تصویر آراء و هرگونه تغییرات در وضعیت قضایی زندانیان را به موسسه منعکس می‌کنند. مرکز آمار و فناوری اطلاعات قوه قضاییه با تأمین زیرساخت‌های فنی لازم، امکان دسترسی به آراء و تغییرات ایجاد شده در پرونده زندانیان را برای موسسه‌های کیفری فراهم می‌کند. سازمان نیز با به‌روزرسانی، پشتیبانی و ارتقاء سامانه ثبت اطلاعات زندانیان، خطای انسانی را به حداقل می‌رساند و امکان گزارش‌گیری لازم جهت اعمال تأسیسات حقوقی و شناسایی زندانیان واجد شرایط بهره‌مندی از ارفاق‌های قانونی را به نحو هوشمند فراهم می‌کند.

چنانچه محکوم پیش از صدور حکم قطعی به جزای نقدی یا شلاق تعزیری به دلیل اتهام یا اتهام‌های مطرح در همان پرونده بازداشت شده باشد، این مدت بر اساس مواد 27 قانون مجازات اسلامی و 515 قانون آیین دادرسی کیفری محاسبه و از میزان محکومیت وی کسر می‌شود. در صورت متعدد بودن مجازات‌ها، روزهای بازداشت قبلی به ترتیب در مورد حبس، شلاق و جزای نقدی محاسبه می‌شود.

چنانچه در اعلام محکومیت قطعی به موسسه، علاوه بر مجازات حبس، محکومیت دیگری مانند رد مال، دیه، جزای نقدی یا شلاق نیز ذکر شده باشد، واحد امور قضایی در اجرای ماده 256 این آیین‌نامه اقدام در صورت عدم وصول دستور صریح قضایی موسسه پس از اتمام حبس مکلف به آزاد کردن محکوم است مگر آن که مقام قضایی مربوط دستور صریح بر ادامه بازداشت یا تحویل زندانی به دیگر مراجع را صادر کند.

در اجرای مجازات جزای نقدی، قاضی اجرا مکلف است ترتیبات مقرر در ماده 529 قانون آیین دادرسی کیفری را برای اجرای مجازات اعمال کند و هرگاه اجرای این مجازات به طرق مذکور ممکن نشود، در صورت تبدیل این مجازات به حبس، مراتب را جهت اجرا به موسسه اعلام کند. در این‌صورت هرگاه بازداشت بدل از جزای نقدی توأم با مجازت حبس باشد، بازداشت مذکور از تاریخ اتمام حبس آغاز می‌شود.

چنانچه زندانی به صورت توأمان دارای دو محکومیت به حبس حدی و تعزیری لازم‌الاجرا باشد، ابتدا حبس حدی اجرا می‌شود و چنانچه اجرای حبس حدی با مانعی مانند پذیرش اعاده دادرسی مواجه شود و یا به هر علت دیگر اعم از صدور قرار یا حکم برائت، اجرای آن منتفی شود، از تاریخ ابلاغ محکومیت لازم‌الاجرای تعزیری به زندان، اجرای حبس تعزیری آغاز می‌شود. در صورت رفع مانع موقت، اجرای حبس تعزیری متوقف و حبس حدی اجرا می‌شود.

تبصره- موضوع فوق در خصوص محکومیت‌های تعزیری متعدد (که قابل ادغام نباشد) نیز قابل تسری است؛ لیکن در صورت رفع مانع موقت حبس تعزیری اول، موجبی برای توقف محکومیت تعزیری در حال اجرا، نمی‌باشد.

در صورت اعلام محکومیت‌های کیفری متعدد، رئیس موسسه ضمن اعلام به قاضی اجرا، محکومیت‌های حبس را به ترتیب تاریخ ابلاغ اجرا می‌کند و تا پیش از اجرای کامل حکم اولیه، محکومیت بعدی قابل اجرا نیست. چنانچه در اجرای قانون محکومیت‌های متعدد تجمیع شود، مطابق همان حکم اقدام می‌شود. روزهای بازداشت قبلی مربوط به هر قرار تأمین کیفری فقط در محکومیت ناظر به همان پرونده لحاظ می‌شود.

(اصلاحی 29-10-1400)- هرگاه متهم با صدور قرار تأمین کیفری در بازداشت باشد و به موجب حکم غیر قطعی به حبس، شلاق تعزیری و یا جزای نقدی محکوم شود، مقام قضایی که پرونده تحت نظر اوست باید با احتساب روزهای بازداشت قبلی مراتب را به بازداشتگاه اعلام کند تا وی بیش از میزان محکومیت در بازداشت نمایند. در هر حال با اتمام یا استهلاک مجازات مذکور، رئیس مؤسسه مکلف است چنانچه فرد به اتهام دیگری در بازداشت نباشد، فوری نسبت به آزادی وی اقدام و نتیجه را به مقام قضایی مربوط اعلام کند. در خصوص دیگر محکومیت‌های غیر قطعی به مجازات‌های حد، قصاص، دیه، تبعید، اقامت اجباری و طرد از کشور و همچنین محکومیت به رد مال ناشی از جرم که با ادامه بازداشت مستهلک نمی‌شود، در صورتی که متهم همچنان به لحاظ قرار تأمین کیفری در بازداشت باشد، در بازداشت باقی می‌ماند و مسئول واحد امور قضایی مؤسسه طبق ماده 243 این آیین‌نامه اقدام می‌کند.

تبصره- چنانچه مقام قضایی که پرونده متهم تحت نظر اوست، حکم غیر قطعی متهم را به مؤسسه، اعلام ننماید و دسترسی به این حکم از طریق سامان مدیریت پرونده قضایی دادگستری نیز برای رئیس مؤسسه امکان‌پذیر نباشد، رئیس مؤسسه مکلف است پس از اطلاع، در اسرع وقت در این خصوص از مرجع قضایی مربوط استعلام نموده و نسبت به اعمال مقررات این ماده اقدام نماید.

(اصلاحی 29-10-1400)- چنانچه محکوم در اجرای ماده 3 قانون نحوه اجرای محکومیت‌های مالی مصوب 1394 در مؤسسه باشد و محکومیت جدید وی شامل حبس یا جزای نقدی که قابلیت اجرا دارد به مؤسسه ابلاغ شود، از زمان ابلاغ ابتدا محکومیت حبس و حبس بدل از جزای نقدی اجرا می‌شود و پس از پایان این محکومیت، زندانی بابت رد مال یا اجرای محکومیت مالی در حبس باقی می‌ماند.

از نظر احتساب مواعد قانونی، سال دوازده ماه، ماه سی روز و هفته هفت روز و هر روز بیست و چهار ساعت است لیکن هر یک از روزهای ورود و آزادی محکوم، یک روز حبس کامل محسوب می‌شود.

(اصلاحی 29-10-1400)- مسئول واحد امور قضایی مؤسسه در پایان هر ماه اسامی زندانیانی را که تحت قرار تأمین کیفری و یا تنها به علت محکومیت مالی به طور غیر متعارف و برای مدت طولانی در مؤسسه به سر می‌برند را در سامانه برخط مربوط به وضعیت زندانیان بارگذاری می‌کند و ضمن اعلام مراتب به قاضی اجراء و حسب مورد به دادستان یا رییس دادگستری به منظور ارائه مساعدت لازم به زندانی و جلب رضایت شاکی یا محکومٌ‌له، از طریق مددکاران قضایی و اجتماعی پیگیری لازم را حسب مورد برای معرفی آنان به تشکل‌های مردم نها، مراکز صلح و سازش و خیرین به عمل می‌آورد. همچنین مسئول واحد مذکور در صورت مشاهده هرگونه حکم یا قرار نامتناسب منجر به بازداشت غیر ضروری و یا هرگونه دستور قضایی مغایر با سیاست‌های مصوب شورای مرکزی طبقه‌بندی و یا مصوبات شورای طبقه‌بندی مؤسسه، مراتب را فوراً از طریق سلسله مراتب اداری به قاضی اجرا و معاونت قضایی سازمان و حسب مورد به دادستان یا رییس دادگستری منعکس می‌کند.