اهمّ وظایف «رئیس موسسه کیفری»، به شرح زیر است:

الف- اجرای قوانین، آیین‌نامه‌ها و دیگر مقررات مربوط و دستورهای سلسله مراتب سازمانی و مقام‌های قضایی یا قانونی صلاحیت‌دار و نظارت بر همه بخش ها و فرآیندهای تحت امر در موسسه؛

ب- اجرای تصمیمات شوراهای طبقه‌بندی و انضباطی؛

پ- همکاری، مساعدت و نظارت بر اجرای برنامه‌های بنیاد، انجمن و ستاد دیه؛

ت- نظارت بر عملکرد کارکنان موسسه از حیث رعایت حقوق زندانیان و نحوه رفتار آن‌ها با زندانیان و خانواده‌های آنان و پاسخگویی در قبال اعتراضات و درخواست‌های دریافتی؛

ث- تأمین امنیت و محافظت از موسسه و زندانیان و اتخاذ تمهیدات لازم برای پیش‌گیری از وقوع تخلفات و جرائم در موسسه و جلوگیری از فرار زندانیان و همچنین جلوگیری از ورود اشیای ممنوعه و مواد مخدر به موسسه؛

ج- برنامه‌ریزی، مدیریت و نظارت بر آموزش، اصلاح و تربیت، تأمین سلامت، بهداشت، تغذیه، تربیت بدنی و تفریحات سالم زندانیان؛

چ- اتخاذ تمهیدات لازم برای توسعه اشتغال زندانیان و نظارت بر مراکز اشتغال مربوط و همچنین اتخاذ تصمیم در خصوص حرفه‌آموزی و اشتغال در زندان بسته اعم از اشتغال در کارگاه‌های داخلی و یا اشتغال نشسته در خوابگاه‌های موسسه؛

ح- گزارش فوری تخلف یا جرائم ارتکابی توسط زندانیان و موارد فوت، خودکشی و خودزنی در موسسه به سلسله مراتب سازمانی و حسب مورد به دادستان یا رئیس حوزه قضایی بخش؛

خ- بهره‌مندی از سامانه‌های الکترونیکی و فناوری‌های نوین در اداره امور موسسه و به ویژه کنترل زندانیان، آمار و اطلاعات، مکاتبات و ثبت سوابق و اتخاذ تدابیر لازم در جهت توسعه و به‌روزرسانی سامانه‌ها؛

د- نظارت بر وضعیت عمومی و فردی زندانیان و رسیدگی به امور آنان و نظارت بر اجرای برنامه‌های روزانه، آمارگیری از زندانیان، کنترل دفتر ثبت وقایع و تهیه و ارسال گزارش روزانه آمارهای مذکور برای مقام‌های ذی‌ربط؛

ذ- جذب کمک‌های مردمی با اجرای برنامه‌های انگیزشی و استفاده از ظرفیت تشکل‌های مردم نهاد در زمینه‌های مختلف از قبیل مالی، معاضدتی، فرهنگی، حرفه‌آموزی، اشتغال و اصلاح و تربیت و تأمین و یا ارتقای زیرساخت‌های عمرانی با هدف بهبود امور زندان، تأمین نیازهای زندانیان، مساعدت به آن‌ها یا خانواده‌هایشان حسب دستورالعمل سازمان؛

ر- راه‌اندازی تارنما یا سامانه الکترونیکی مختص موسسه با همکاری و هماهنگی دفتر آمار و فناوری اطلاعات سازمان، برای اطلاع‌رسانی عمومی، جلب مشارکت و همکاری تشکل‌های مردم نهاد و نهادهای حمایتی، ارتقاء نظام پاسخگویی و ارائه خدمات الکترونیکی و معاضدت قضایی و اجتماعی به خانواده زندانیان.

تبصره 1- رئیس اندرزگاه نیز مطابق با اختیارات و وظایف تفویضی، مسئولیت‌های رئیس موسسه را در محدوده اندرزگاه بر عهده دارد.

تبصره 2- رئیس موسسه حقوق متهمان بازداشتی را با رعایت حداکثر استانداردها، تأمین می‌نماید.

رئیس موسسه با موافقت مدیرکل زندان‌های استان، برای زمانی که در مرخصی یا مأموریت است، یکی از معاونان خود را به عنوان جانشین و برای روزهای تعطیل و ساعات خارج از وقت اداری، حداقل سه نفر را ترجیحاً از میان رؤسای اندرزگاه‌ها، مراقبان مسئول و یا افسر نگهبان به عنوان جانشین خود تعیین می‌کند تا به صورت نوبتکاری انجام وظیفه نمایند.

در اجرای ماده 30 قانون آیین دادرسی کیفری، تمام رؤسا، معاونان و مأموران موسسه‌ها که وظیفه ضابطیت را بر عهده دارند، از سوی سازمان جهت طی دوره آموزشی لازم و اخذ کارت ضابطیت به دادستان مربوط معرفی می‌شوند. رؤسا، معاونان و مأموران موسسه‌ها که دارای کارت ضابطیت هستند، در اجرای قرارهای صادر شده و احکام حبس در موسسه، مطابق احکام یا دستور مقام قضایی اقدام می‌نمایند. چنانچه متهمان یا محکومان از بازداشتگاه یا زندان‌های بسته و نیمه‌باز و یا حین اعزام و بدرقه فرار کنند و یا مرتکب جرمی شوند، رئیس، معاونان و مأموران موسسه با رعایت مقررات قانون آیین دادرسی کیفری به عنوان ضابط خاص انجام وظیفه می‌کنند.

در هر موسسه «مراقب مسئول» زیر نظر رئیس موسسه و یا رئیس اندرزگاه انجام وظیفه می‌کند. اهمّ وظایف مراقب مسئول در موسسه به شرح زیر است:

الف- سرشماری و تهیه آمار زندانیان و ثبت موارد آزادی، جابجایی و انتقال زندانیان و تحویل گرفتن زندانیان جدید؛

ب- نظارت و کنترل ورود و خروج زندانیان و ثبت وقایع و گزارش فوری حوادث و رویدادها از قبیل قانون شکنی، درگیری و نزاع، اغتشاش، تجمع غیر عادی، قدرت‌نمایی، بهره‌کشی و اجیرکردن دیگران، قماربازی، ایجاد سر و صدا و بی‌نظمی، اعتصاب غذا، فرار، خودزنی، خودکشی، بیماری و فوت زندانی به مقام مافوق؛

پ- نظارت بر تحویل و تحول نوبت کاری و جابجایی کارکنان داخل اندرزگاه و تنظیم لوح نگهبانی نوبت کاری مراقبان داخل اندرزگاه؛

ت- نظارت بر اعزام زندانیان به مراجع و مراکزی مانند بهداری، سالن ملاقات، واحد اصلاح و تربیت و کارگاه‌های حرفه‌آموزی و اشتغال و انجام هماهنگی و مراقبت‌های لازم؛

ث- دریافت درخواست‌های قانونی زندانیان، رسیدگی به این درخواست‌ها، گزارش آن به مقام مافوق و اعلام نتیجه به زندانی؛

ج- نظارت بر امر توزیع خوراک، پوشاک، مواد غذایی، لوازم بهداشتی و ارائه خدمات رفاهی و فروشگاه‌ها؛

چ- کنترل و پیشگیری از هرگونه تخلف در درون اندرزگاه و نظارت بر تقسیم کار عادلانه بین زندانیان؛

ح- بازرسی و کنترل تمام بخش‌های اندرزگاه، اعم از بازرسی نوبه‌ای و سرزده به ویژه در شب به همراه مأموران یگان و همچنین نظارت از طریق تجهیزات و دوربین‌های مداربسته؛

خ- نظارت بر عملکرد مراقبان و دیگر کارکنان اندرزگاه؛

د- انجام وظایف رئیس اندرزگاه در غیاب وی؛

ذ- نظارت بر اجرای برنامه روزانه زندانیان؛

ر- همکاری و تبادل اطلاعات با فرمانده یگان حفاظت در امور مربوط به تأمین امنیت موسسه؛

ز- انجام دیگر امور ارجاعی طبق دستور مافوق و شرح وظایف سازمانی.

وظایف دیگر مسئولان و کارکنان موسسه بر اساس شرح وظایف پست سازمانی مصوب و امور محوله از سوی مقام مافوق است.